クラブニンテンドーのページに『WiiU本体』と『ダウンロード版』のクラニンポイント追加方法が紹介されています。
https://club.nintendo.jp/

【WiiU本体の登録方法】
https://club.nintendo.jp/html/n5_guide17.html

以下抜粋

1	Wii U本体をインターネットにつなぎ、ニンテンドーeショップを起動する。 Wii U本体のクラブニンテンドーポイントを獲得するには、Wii Uをインターネットに接続する必要があります。

 

2	ニンテンドーeショップにクラブニンテンドー会員IDを登録する。

 

3	クラブニンテンドーで Wii U本体の「購入後アンケート」に回答する。 回答後、Wii U本体分のクラブニンテンドーポイントが加算されます。

【追記】12.12.10
「購入後アンケート」に回答できるようになるまで時間がかかる場合があるようです。

私の場合12月8日の昼頃にeShopでクラニンの登録を行い、アンケートに答えたのは10日の朝でした、発売直後に行ったからかもしれない。確認した限りでは少なくとも1日以上かかりました。

関連
【ダウンロード版のポイント登録方法】
https://club.nintendo.jp/html/n5_guide18.html

ダウンロード版など、ニンテンドーeショップでダウンロードするソフトをクラブニンテンドーに登録するには事前の設定が必要です。